Die Geschäftsstelle ist im Gesundheitsamt des Rhein-Neckar-Kreises verortet und vertritt die Stadt Heidelberg und den Rhein-Neckar- Kreis. Sie ist für die Organisation und Koordination der Kommunalen Gesundheitskonferenz sowie der Lenkungsgruppe verantwortlich und ist Ansprechpartner in allen Fragen rund um die Kommunale Gesundheitskonferenz, worunter auch die Öffentlichkeitsarbeit fällt. Zudem unterstützt die Geschäftsstelle Arbeitsgruppen organisatorisch und gestaltet Fachveranstaltungen mit.

In Abstimmung mit der Geschäftsstelle und unter der Berücksichtigung von vorgegebenen Themenschwerpunkten können Arbeitsgruppen eingerichtet werden. Die Arbeitsgruppen erarbeiten Handlungsempfehlungen und stellen diese auf den Gesundheitskonferenzen vor. Die Arbeitsgruppen können die Handlungsempfehlungen auch beispielsweise in Form von Projekten selbst umsetzen oder begleiten.

Die Kommunale Gesundheitskonferenz als Veranstaltung findet einmal jährlich statt. Hier präsentieren die etablierten Arbeitsgruppen ihr bisheriges Schaffen und bekommen Input für neue Projektideen während sich auch zugleich neue Arbeitsgruppen bilden können. Darüber hinaus dient die Veranstaltung als Plattform für einen regen Austausch zwischen verschiedenen Netzwerken und Institutionen zu gesundheitsbezogenen Fachthemen.

Die Lenkungsgruppe dient als thematischer Fachbeirat und Ideengeber, insbesondere bei der Themenfindung zur jährlichen Kommunalen Gesundheitskonferenz. Sie besteht aus einem Kreis ständiger Mitglieder, die bedeutende Interessen- und Berufsgruppen sowie Institutionen und Behörden im Umfeld des Themas Gesundheit in der Region repräsentieren.

Leitkriterien finden sich im Landesgesundheitsgesetz und in den Gesundheitszielen von Baden-Württemberg.